يُمكن تصنيف الأمراض التي تُصيب الدواجن وفقاً للتصنيفات الخمسة التالية:
1- أمراض بكتيرية Bacterial diseases
2- أمراض تنفسية Respiratory diseases
3- أمراض فيروسية فيما عدا التنفسية Viral diseases
4- أمراض وحيدة الخلية Protozoan
5- أمراض غذائية Nutritional diseases

الأمراض البكتيرية Bacterial diseases

البكتريا هي واحدة من أصغر وأبسط صور الحياة، فهي من الكائنات الدقيقة ذات الخلية الواحدة، حيث تختلف وتتباين في أشكالها، وتتكاثر بالانقسام، ولا يوجد بها كلوروفيل، وتحتاج البكتريا لكي تنمو مثلها مثل بقية الكائنات إلى قدر من الحرارة والرطوبة والتغذية.
ليست كل الأنواع البكتيرية ضارة لصحة الطائر أو الحيوان، حيث يحتاج الحيوان للعديد من الأنواع البكتيرية لتساعده في عمليات هضم الغذاء فيما يُطلق عليه البكتريا النافعة. أما البكتريا المُمرضة والتي تُسبب العدوى للحيوان أو الطائر والتي أحياناً قد تؤدي إلى نفوقه، فإنه لابد من تشخيصها ومعرفتها جيداً وذلك لإحكام السيطرة والقضاء عليها، دون التأثير قدر الإمكان على البكتريا النافعة.

الأمراض التنفسية Respiratory diseases

يُمكن تصنيف أمراض الدواجن التي تؤثر على أجزاء الجهاز التنفسي المُختلفة مثل المسالك التنفسية والرئتين والشُعب الهوائية والأكياس الهوائية كأمراض تنفسية، حيث تُعتبر تلك الأمراض من أخطر الأمراض التي تُصيب قطعان الدواجن وتُسبب كثير من الخسائر.

ولعل التصنيف التالي الموضوع طبقاً للمُسبب المرضي يُعتبر مُفيداً لفهم واستيعاب أهم الأمراض التنفسية:

المُسبب فيروسي Caused by virus
• التهاب الشُعب المُعدي Infectious bronchitis
• التهاب الحنجرة والقصبة الهوائية المُعدي Laryngotracheitis
• مرض النيوكاسل Newcastle disease

المُسبب بكتيري Caused by bacteria
• مرض الجهاز التنفسي المُزمن CRD
• الكوريزا Coryza
• عدوى الجيوب الأنفية في الرومي Infectious Sinusitis
• الميكوبلازما Mycoplasmosis

المُسبب فطري Caused by molds
• الأسبرجلوزيس Aspergillosis

الأمراض الفيروسية غير التنفسية Viral diseases

ومن أهم الأمراض الفيروسية غير التنفسية التي تُصيب قطعان الدواجن: ( جُدري الدجاج، والليكوزيس، والماريك، والارتعاش الوبائي، ومرض العُرف الأزرق)

أمراض وحيدة الخلية Protozoan diseases

ومن أخطر الأمراض التي تُسببها الكائنات وحيدة الخلية: (الكوكسيديا، والرأس السوداء، ترايكوموناس، والليكوسيتوزونوزيس)

أمراض غذائية Nutritional diseases

وهي تلك الأمراض التي تنتج عن نقص واحد أو أكثر من العناصر الغذائية الضرورية للجسم مثل الفيتامينات أو المعادن.

أمراض طُفيلية Parasites diseases

الطُفيليات هي كائنات تعيش في أو على أو عند كائن حي أخر في صورة تطفلية، وبشكل عام توجد أنواع عديدة من الطُفيليات الخارجية والداخلية تقوم بمهاجمة الطيور الداجنة، وتنقسم الطُفيليات إلى:

الطفيليات الخارجية External parasites
حيث يتطفل هذا الطفيل على الطائر من الخارج، ويُسبب له العديد من المشاكل، والتي من أهمها: (القلق والعصبية وانخفاض الوزن وإنتاج البيض، علاوة على إصابة الجلد بالكثير من الأضرار، والذي تنخفض معه جودة الذبيحة عند التسويق، إصابة الطيور بالقُمَّل Lice ، والفاش Mite

الطفيليات الداخلية Internal parasites
تُصاب الطيور بالعديد من أنواع الطفيليات الداخلية، مثل: (الديدان الاسطوانية والإسكارس)